[Mlmag:934] 【いなじんインターネットメールマガジンVol.934】
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2024年 12月 19日 (木) 22:35:39 JST
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Vol.934 2024.12.19
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□ 線形代数を体験してみる T-COOL
■ モーターたんぱく質は走る アッシュリン
□ お天気情報 旅 人
■ 全日本男子最終Ｇに織田信成37歳 ＥＬＬＥ
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□■ 線形代数を体験してみる T-COOL
前回から「主成分分析」と言うお題で、線形代数がどのように使われ
ているのか考えています。前回はライブラリ、scikit-learnについてく
るデータを表示させたところで終わっています。今回はあやめのデータ
を加工するところから始めましょう。
機械的に入手したテキストデータなどをプログラムで利用しやすいデー
タフレームと言う形に変換するにはPandasと言うライブラリを利用しま
す。以下、前回のプログラムを改良しましょう。
import numpy as np
import pandas as pd
from sklearn.datasets import load_iris
from sklearn.decomposition import PCA
iris = load_iris()
df = pd.DataFrame(iris.data, columns=iris.feature_names)
df['label'] = iris.target
df
２行目は、データフレーム処理のためにpandasを読み込んでいます。
４行目はPCA 分析をするためのライブラリのインポートをしています。
実行すると、前回記号に囲まれたデータだったものがちゃんと表になっ
て表示されるようになりました。
これに続けてPCA 分析の計算をやらせてみます。
pca = PCA(n_components=2)
data = df[["sepal length (cm)", "sepal width (cm)", "petal length (cm)",
"petal width (cm)"]].values
trans_pca = pca.fit_transform(data)
trans_pca
今回はデータの最初の２つの値で調べることにします。実行すると、出
てきた数値の配列は、何やら意味がありそうな、無いような。わかりに
くいので、いっそグラフにしてみましょう。
import matplotlib.pyplot as plt
fig, ax = plt.subplots()
cmap = plt.get_cmap("tab10")
color = [cmap(label) for label in df.label]
ax.set_xlabel("PCA axis 1")
ax.set_ylabel("PCA axis 1")
ax.scatter(trans_pca[:, 0], trans_pca[:, 1], color=color, s=10, marker="o")
実行すると、３色の点がいっぱいプロットされたグラフになりますが、
各色の集まり方が、一本の棒に集約されているのがわかります。これは
データに特徴を示す内容が含まれていると言うことを示しています。
実は色の違いは、あやめの種類の違いになっているのです。つまり今分
析したデータは、あやめの種類ごとの特徴をよく表しているデータであ
ると示しているのです。今回はあやめのがく片の長さと幅を調べるとそ
の違いがはっきりすることがわかります。
このように取得したデータが何かの特徴や原因などを表しているものな
のかどうかを分析するのが、主成分分析なのです。
■□
□■ モーターたんぱく質は走る アッシュリン
前回のＮＨＫ・ＢＳの番組「ヒューマニエンス」を視て驚愕した。
な～んと、たんぱく質は歩く、走るのである。
ヒューマニエンス 第98回「たんぱく質」
https://ameblo.jp/myu-g/entry-12858921934.html
そもそも人体には「約２万種類たんぱく質がある」と聞いて妙な声を出
して驚くＭＣの織田裕二さん。そして視聴者も驚愕する。
細胞の中にＤＮＡのらせんがあり、それをリボゾームがたんぱく質に
変える訳だが、“20種類のアミノ酸が鎖状になったもの”だけの一本の
線状のたんぱく質では役に立たない。それを各臓器で使えるような形に
変えて行く魔法の箱のようなものをシャペロンと言う。
「ひも状のたんぱく質を必要な形に折り畳むための籠＝シャペロン」と
言う訳である。
ところが、細胞内には核だのＤＮＡらせんだのリボゾームだの、様々な
物質が100億もゴチャゴチャしている。
そのため自然透過を待って居ては、このたんぱく質（全ての物質の元、
アミノ酸から出来ている）は隅々まで行き渡る事が出来ない。
だから、たんぱく質は「歩く、走る」わけである。
しかもＣＧで視たら異様な光景だったが、この歩き回る足（実際の速度
は時速120キロほどにもなるそうだ！）は背後に自身の何倍もの大きな
荷物を背負っている。
その状態で、高速道路の様に広がる道（細胞内の繊維状の場所）を高速
でトラックのように行ったり来たりするのだそうだ。
驚くべき事実である。ひえ～～！！！
以下、細胞内の繊維上を、荷物を運搬するために自ら歩くモーターた
んぱく質の存在を金沢大学の安藤教授が突き止めたのだ。
https://www.youtube.com/watch?v=z4ehOBDWYRQ
（世界初！二本の足を交互に出して前に進むモータータンパク質の様子）
安藤敏夫教授（金沢大学）らは、世界最高性能の高速原子間力顕微鏡
を開発し、動いているたんぱく質分子をそのまま高速撮影することに
成功しました。従来はたんぱく質に結合させた蛍光分子の動きを追跡
してたんぱく質分子の振る舞いを推測していましたが、今回の成功に
より、ミオシンというたんぱく質が動く仕組みを詳細に調べることが
できました。今後、たんぱく質をはじめとする生体分子の動く仕組み
のほか、様々なナノスケールの動的プロセスの解明にも貢献が期待さ
れます。
■□
□■ お天気情報 旅 人
明日の天気
https://weathernews.jp/s/forecast/
週刊天気
https://www.jma.go.jp/jp/week/
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□■ 全日本男子最終Ｇに織田信成37歳 ＥＬＬＥ
３７歳・織田信成、１１年ぶり全日本は開会式で選手宣誓
「環境や年齢を言い訳にせず、全身全霊で競技する」
https://news.yahoo.co.jp/articles/c2923ccafdaf388dd70bbf9e29128fab1c6c73d4
その歳で４回転＋３回転を飛べる37は歴史的快挙である。
フィギュアスケート全日本選手権予定
12/20（金）12:30 男子SP 鍵山優真、山本草太、三浦佳生ほか
12/20（金）17:30 女子SP 坂本花織、千葉百音、島田麻央ほか
12/21（土）13:30 アイスダンスRD 田中梓沙／西山真瑚、吉田
唄菜／森田真沙也ほか
12/21（土）14:45 ペアSP 三浦璃来／木原龍一、長岡柚奈／森口
澄士ほか
12/21（土）15:45 男子FS
12/22（日）12:30 アイスダンスFD
12/22（日）14:10 ペアFS
12/22（日）15:45 女子FS
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編集部のひとこと
このところの冷え込みで、一気に冬の到来を感じます。遠くの山は
やはり冠雪が美しい・・けれども寒い。頬切る北風が如何ともし難く
寒いですね。何故か、歳を取るにつれ、やりたい事が増えて来て（残
り時間に焦る所為だろうか）当然の事ながら時間は足りなくなる。
そしてあれもこれもと欲張り、それぞれの時間が足りなくなる今日こ
の頃、皆さまはお変わりありませんか。やっと年賀状を買いました。
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【冬至】 とうじ：12月22日頃
太陽高度が最も低く、１年で最も昼が短い日。一陽来復を願い、冬至
かぼちゃ、柚子湯などの風習がある。
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まき散らしておいて知らん顔、なんと恐ろしく信じられない国なの
か中国とは。名前は【武漢肺炎】だったのに、サッサとＷＨＯにカネ
でも掴ませたのかＣＯＶＩＤに変えさせ、それを黙認した世界の罪は
重く酷いと思う。この感染症は永久に【武漢肺炎】である。
相変わらず人の集まる場所ではマスクしたいと思うし完全に外れるに
はまだ何年もかかりそうです、頑張りましょう。
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外出から戻ったら必ず嗽と手洗いをしています。皆様くれぐれも
体調管理はしっかりとして、風邪などお召しにならぬよう。
ゆめゆめ、油断怠り無きよう。皆様の健康をお祈りしています。
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なにかニュースがありましたらお知らせ下さい。
次回は、来週１２月２５日（水曜日）です。
皆様の情報が頼り。原稿お待ちしております。
綾小路小薔薇
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■□ 情報をお寄せください
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